Data nadania stopnia doktora: 14.07.2022
Promotor: prof. dr hab. Marzena Gajęcka
Promotor pomocniczy: dr Dorota Nowak-Malczewska
Tytuł rozprawy doktorskiej: Charakterystyka i określenie roli elementu bakteryjnego mikrobiomu jelit w etiologii zespołu jelita drażliwego z zastosowaniem sekwencjonowania16S rRNA
Zespół jelita drażliwego (ang. irritable bowel syndrome, IBS) jest przewlekłą chorobą przewodu pokarmowego, związaną
z zaburzeniami pracy jelit, w którym ból brzucha lub dyskomfort pozwiązane są z nieregularną defekacją i/lub zmianą/-ami
w czynności jelit. Przyjmuje się, że zaburzenia dotyczące mikrobiomu jelit człowieka mogą mieć znaczenie w patogenezie IBS.
Celem rozprawy doktorskiej była identyfikacja i charakterystyka elementu bakteryjnego mikrobiomu jelit pacjentów z IBS poprzez porównanie jego składu z elementem bakteryjnym mikrobiomów jelitowych osób bez dolegliwości żołądkowo-jelitowych, z uwzględnieniem typów IBS oraz płci uczestników badania. Przeprowadzono ocenę zróżnicowania mikrobiota w próbach stolca pozyskanych od uczestników badania. W badanych grupach dokonano także oceny wpływu produktów mlecznych w diecie pacjentów na skład mikrobiota jelit oraz poziomu wiedzy na temat prebiotyków.
W badaniach wzięło udział 121 osób z IBS [w tym kobiety (n = 70) i mężczyźni (n = 51)]. Grupę kontrolną stanowiło 70 osób bez dolegliwości żołądkowo-jelitowych [w tym kobiety (n = 40) i mężczyźni (n = 30)]. Informacje dotyczące diety oraz zachowań żywieniowych zostały zweryfikowane za pomocą kwestionariusza KomPAN. Próby DNA mikrobiota, pozyskane ze stolca, poddano sekwencjonowaniu 16S rRNA (regiony zmienne V3-V4) z wykorzystaniem systemu Illumina Miseq. Przeprowadzono analizy bioinformatyczne uzyskanych danych.
Wykazano, że element bakteryjny mikrobiomów jelit pacjentów z IBS charakteryzował się większą różnorodnością drobnoustrojów w pozyskanych próbach stolca, w odniesieniu do grupy kontrolnej. Zaobserwowano także różnice pomiędzy mikrobiota jelit kobiet oraz mężczyzn, niezależnie od przynależności do grupy. Nie wykazano różnic (p>0,05) mikrobiota jelit biorąc pod uwagę zróżnicowanie typów IBS w grupie pacjentów.
Stwierdzono, że spożywanie produktów mlecznych, tj.: mleka, twarogu, mleka zsiadłego oraz fermentowanych napojów mlecznych, wpływa na skład mikrobiota jelit (p<0,05), natomiast obecność żółtych serów oraz mleka acidofilnego lub bifidusowego w diecie nie oddziałuje na element bakteryjny mikrobiomów jelitowych. Nie zaobserwowano różnic pod względem wiedzy na temat prebiotyków pomiędzy badanymi grupami.
Mikrobiota jelit pacjentów z IBS różni się pod względem składu w porównaniu do osób z grupy kontrolnej, co może mieć znaczenie w patogenezie IBS. Dieta (uwzględniając produkty mleczne) może wpływać na element bakteryjny mikrobiomu jelita.
Data nadania stopnia doktora: 14.07.2022
Promotor: prof. dr hab. Marzena Gajęcka
Promotor pomocniczy: dr hab. Justyna Karolak
Tytuł rozprawy doktorskiej: Charakterystyka bakteryjnego elementu mikrobiomu układu moczowego u pacjentów dializowanych i u pacjentów po transplantacji nerki
Rozwój metod biologii molekularnej i ich zastosowanie w badaniach pozwolił na wykrycie wielu nowych uropatogenów, będących przyczyną zakażeń układu moczowego (ZUM). Pomimo postępu wynikającego z wykorzystania nowych technik badawczych, etiopatogeneza ZUM nie jest wciąż dokładnie poznana.
Celem pracy była identyfikacja uropatogenów, w tym drobnoustrojów hodowlanych o zwiększonych wymaganiach wzrostowych oraz bakterii niehodowlanych, a także charakterystyka bakteryjnego elementu mikrobiomu układu moczowego u pacjentów poddawanych dializoterapii i po transplantacji nerki.
W ramach rozprawy doktorskiej w 30% posiewów moczu pacjentów poddawanych dializoterapii i pacjentów po transplantacji nerek odnotowano znamienny bakteriomocz. W 22 przypadkach przyczyną znamiennego bakteriomoczu były bakterie Escherichia coli, stanowiące 73% wszystkich wyizolowanych za pomocą metod mikrobiologii klasycznej drobnoustrojów.
Następnie, przy użyciu sekwencjonowania fragmentów genu 16S rRNA bakteryjnego DNA w badanych próbkach wykazano zróżnicowanie bakteryjnego elementu mikrobiomu układu moczowego pomiędzy próbami moczu pochodzącymi od trzech grup badanych.
Wykazano między innymi, że bakterie z rodzaju Finegoldia, Leptotrichia oraz Corynebacterium występują istotnie częściej u pacjentów po dializoterapii i transplantacji nerek w porównaniu do grupy osób bez dysfunkcji układu moczowego. Bakterie z rodzaju Finegoldia, Leptotrichia oraz Corynebacterium, jako istotne w grupach pacjentów dializowanych i po transplantacji nerek z pozytywnym wynikiem posiewu moczu w mikrobiologii klasycznej, w przyszłości mogą posłużyć jako markery wskaźnikowe przydatne w diagnostyce zakażeń bakteryjnych układu moczowego.
Uzyskane różnice w kompozycji elementu bakteryjnego układu moczowego u pacjentów dializowanych, pacjentów po transplantacji nerek oraz osób bez dysfunkcji układu moczowego, wskażą kierunek przyszłych badań potrzebnych do lepszego zrozumienia roli elementu bakteryjnego mikrobiomu układu moczowego w patogenezie chorób układu moczowego.
Data nadania stopnia doktora: 10.04.2019
Promotor: prof. dr hab. Marzena Gajęcka
Tytuł rozprawy doktorskiej: Charakterystyka czynników zjadliwości związanych z adhezją oraz tworzeniem biofilmu
u szczepów Streptococcus agalactiae
Celem rozprawy doktorskiej była ocena zdolności szczepów Streptococcus agalactiae do formowania struktury biofilmu oraz charakterystyka czynników zjadliwości związanych ze zdolnością do adhezji i tworzenia biofilmu.
Materiał do badań stanowiło 165 szczepów klinicznych S. agalactiae. Oceniono ich zdolność do formowania struktury biofilmu, częstość występowania wśród badanych szczepów poszczególnych serotypów oraz wybranych czynników wirulencji, a także lekowrażliwość. Ponadto dokonano analizy korelacji uzyskanych wyników.
Wyniki badań wskazują, iż szczepy S. agalactiae posiadają in vitro zdolność do tworzenia biofilmu, różniąc się stopniem jego formowania. Stwierdzony w niniejszej pracy rozkład serotypów GBS jest spójny z wynikami odnoszącymi się do innych populacji europejskich. Zaobserwowano statystycznie istotną zależność pomiędzy szczepami reprezentującymi różne serotypy a obecnością genów kodujących różne typy fimbrii oraz genów kodujących poszczególne białka powierzchniowe
z rodziny Alp. Zauważono również zależność pomiędzy serotypem, a opornością na erytromycynę. Jednakże, brak statystycznie istotnych zależności pomiędzy badanymi czynnikami zjadliwości, a zdolnością S. agalactiae do formowania struktury biofilmu wskazuje, że jest to proces złożony warunkowany różnymi czynnikami. Narastająca oporność na erytromycynę i klindamycynę wśród szczepów S. agalactiae, stanowi problem terapeutyczny u chorych uczulonych na β –laktamy, zatem z uwagą należy śledzić tendencje w lekowrażliwości paciorkowców grupy B.
Data nadania stopnia doktora: 05.07.2017
Promotor: prof. dr hab. Marzena Gajęcka
Tytuł rozprawy doktorskiej: Charakterystyka mikroorganizmów izolowanych ze środowiska farmaceutycznego oraz ocena ich zdolności do tworzenia biofilmu
Celem pracy było scharakteryzowanie mikroorganizmów wyizolowanych ze środowiska produkcyjnego zakładów farmaceutycznych oraz ocena ich zdolności do tworzenia biofilmu.
W ramach niniejszej pracy z pomieszczeń produkcyjnych trzech zakładów farmaceutycznych wyizolowano i zidentyfikowano 84 szczepy bakterii. Najliczniejszą grupę stanowiły pałeczki z rodzaju Pseudomonas, wśród nich dominującym gatunkiem był P. aeruginosa.
Wyniki przeprowadzonych w ramach niniejszej pracy badań wskazują, iż środowisko farmaceutyczne jest źródłem drobnoustrojów potencjalnie chorobotwórczych, które mogą zanieczyścić produkowane leki i jednocześnie przyczynić się do zakażenia pacjenta. W środowisku farmaceutycznym identyfikowano szczepy P. aeruginosa, które wykazywały oporność na rutynowo stosowane antybiotyki. Większość szczepów P. aeruginosa izolowane ze środowiska farmaceutycznego charakteryzuje się obecnością genów kodujących czynniki zjadliwości. Zanieczyszczenie leków przez szczepy bytujące w środowisku farmaceutycznym posiadające geny kodujące czynniki zjadliwości zwiększa możliwość wywołania zakażenia jatrogennego u pacjentów. Zdolność szczepów do tworzenia biofilmu oraz ich oporność na środki dezynfekcyjne powoduje, iż trudniej usunąć je z powierzchni abiotycznych w środowisku farmaceutycznym. 
Data nadania stopnia doktora: 18.06.2014
Promotor: dr hab. Marzena Gajęcka, prof. UM
Tytuł rozprawy doktorskiej: Złożoność aspektów genetycznych w wieloczynnikowych chorobach narządu wzroku – stożku rogówki oraz wysokiej krótkowzroczności
Celem badań prowadzonych w ramach realizacji pracy doktorskiej było poznanie nowych czynników uwikłanych w etiologię stożka rogówki i wysokiej krótkowzroczności. Projekt uwzględniał badania molekularne polskich sporadycznych przypadków stożka rogówki, przypadków wysokiej krótkowzroczności w rodzinach pochodzących z Polski, a także badania genetyczne członków ekwadorskich rodzin ze stożkiem rogówki. Przygotowana praca doktorska uwzględniała przede wszystkim analizy genów kandydatów dla stożka rogówki oraz wysokiej krótkowzroczności, a także analizę mitochondrialnego DNA, próby korelacji identyfikowanych genotypów z fenotypem chorobowym oraz analizy funkcjonalne in vitro wybranych substytucji. W pracy wykorzystywane zostały klasyczne metody biologii molekularnej, takie jak izolacja DNA, PCR, RT-PCR, analiza długości fragmentów restrykcyjnych, klonowanie i sekwencjonowanie.